2. Stock: Wallenrodtische Bibliothek
Johann Ernst von Wallenrodt (1615-1697), Sohn von Martin von Wallenrodt, setzte das Werk seines Vaters fort. Er studierte an der Königsberger Universität Jura und antike Sprachen, bereiste europäische Länder und Nordamerika. Von überall brachte er Bücher mit, um die Bibliothek zu erweitern. 1650 wurde die Bibliothek nach Beschluss des Stadtrates von Kneiphof und mit Einverständnis des Grafen im südlichen Turm des Königsberger Domes untergebracht. Die Büchersammlung übertraf die Bibliothek der Albertina, Universität von Königsberg, und wurde deshalb intensiv von Professoren und Studenten benutzt. 
Dank Johann Ernst wurde die Bibliothek auch eine Art geographisches Museum, dort befanden sich auch seine Reisenotizen, Karten, Globen, verschiedene Souvenirs, Münzen und Raritäten aus fremden Ländern. Hier wurden auch historische Dokumente verwahrt, so der Schutzbrief Karls V., mit dem Martin Luther sicher nach Worms reisen konnte.
In der Mitte des 17. Jahrhunderts wurde der Innenraum vom holländischen Maler Christof Gregor Sangknecht und Königsberger Holzschnitzer Isaak Riga im norddeutschen Barockstil gestaltet.
1675 wurde die Bibliothek Teil der Albertina. 1721 hat die Familie Wallenrodt die Bibliothek endgültig dem Staat überlassen. Im Jahre 1909 bestand die Bibliothek aus 10.500 Büchern und Schriften. Damals wurde sie in die Staats- und Universitätsbibliothek Königsberg aufgenommen, 7.000 Bände wurden dabei in ein neues Gebäude verlegt, der Rest, größtenteils Dubletten, blieb im Königsberger Dom.
Die ursprüngliche Wallenrodtsche Bibliothek existierte bis zum Zweiten Weltkrieg. Die 3.500 Bände im Dom wurden bei einer Bombardierung im August 1944 vernichtet. Der Bestand der Staats- und Universitätsbibliothek, darunter die Wallenrodtsche Sammlung, war nach der Eroberung der Stadt durch sowjetische Truppen am 9. April 1945 über ganz Osteuropa zerstreut. Nach dem Krieg wurde in der Georg-August-Universität Göttingen eine Bibliothek eingerichtet, die sich als Nachfolgeeinrichtung der Wallenrodtschen Bibliothek versteht.
1981 kehrten 291 Bücher nach Kaliningrad zurück. Sie können heute im Universitätsmuseum besichtigt werden, wo man sich um einen Wiederaufbau der Wallenrodtschen Bibliothek (auch unter dieser Bezeichnung) bemüht. Neuerdings arbeitet man daran, die kunstvollen, mit Palmenwedeln verzierten Bücherregale zu rekonstruieren, um die Wallenrodt-Bücher angemessen zu präsentieren. Das Luther-Gemälde aus der Wallenrodtschen Bibliothek befindet sich heute im Dohnaschlößchen von Mohrungen. Schätzungsweise eintausend Bücher befinden sich in der Bibliothek der Akademie der Wissenschaften in Sankt Petersburg, große Bestände aus der Wallenrodtschen Sammlung werden auch in den Bibliotheken in Moskau vermutet. Seit einigen Jahren bemüht sich die Verwaltung des Domes verloren gegangene Bibliothekbestände zu rekonstruieren, Bücher aus den Königsberger Bibliotheken ausfindig zu machen, zu katalogisieren, zu verfilmen und sie zu digitalisieren. Aber es gibt gerade kein Erfolg.
Heute existiert die Bibliothek mit der Universität Verbindung. Hier findet man viele Bücher XVIII Jh. auf französisch und deutsch. Alle Dekorationen wurden von kaliningradsche Firma „Maxik“ gemacht.