Первое упоминание о племенах, проживающих на территории Калининградской области и г. Калининграда / Кенигсберга 60 г. до нашей эры, в трудах римского историка К. Тацита «О происхождении германцев и местоположении Германии». Пруссы, как собирательное название племен, населявших территорию между устьями Вислы и Немана (первое упоминание 9 в). История Кенигсберга начинается с завоевания Тевтонским орденом прусских племен и постройки замка. Рыцари построили уходящую в землю деревянную крепость на месте прусских построек (1255 г.), но неспокойная обстановка побудила рыцарей рядом с первым замком начать строительство второго, более надежного. Новый каменный замок был обнесен двойной стеной с девятью каменными башнями. Через 5 лет, в этом замке, рыцари смогли выдержать осаду восставших пруссов. Самая старая часть Кенигсберга-Альтштадт (Старый город) примыкал к замку с юга строился около 20 лет.28 февраля 1286 г. Тевтонским орденом ему были дарованы городские права. Как все города на землях принадлежавших ордену, Альтштадт закладывался для определенного количества граждан. На территории, отведенной под город, была намечена уличная сеть в форме решетки с крупными ячейками, обозначавшими дворовые пространства. В связи с этим увеличивать площадь застройки и число обитателей, путем деления дворов или расширения территории, было нельзя. Лёбенихт примыкал к Альтштадту с востока, образуя поселение вдоль дороги, ведущей в Литву, изначально назывался Liepenick и Lipnicken — «Деревня на болоте». Его населяли ремесленники, кожевники, ткачи, мелкие торговцы, землепашцы. 27 мая 1300 г. Тевтонский орден пожаловал Лёбенихту городские права.

Кнайпхоф возник в западной части острова. Город, населенный в основном купцами, получил городские права 6 апреля 1327 г. На Кнайпхофе распологалось 14 улиц, 2 площади и 2 переулка. Самая узкая улица — 68 см. Все мосты, соединявшие Кнайпхоф с другими городскими поселениями были разводными и имели оборонные качества. Мосты были местом шествий, религиозных и праздничных процессий. Зеленый мост (построен в 1322 году и не сохранившийся до наших дней), как и зеленые ворота — были визитной карточкой Кнайпхофа. Свое название они получили из-за основного тона Кнайпхофского герба. Рабочий или Потроховый мост (построен в 1377 году, до нашего времени не сохранился) — рабочий, вспомогательный, предназначенный для провоза мусора и т. п., Медовый мост (самый молодой мост, в наше время действует как пешеходный мост в направлении к Кафедральному собору) — за разрешение на строительство моста жители расплатились бочками меда. Лавочный мост (построен в 1286 году, до нашего времени не сохранившийся)) — самый старый из мостов. Название моста свидетельствует о том, что он сам и прилегающие берега Прегеля были сосредоточением торговли. Высокий мост (построен в 1520 году) — самый высокий разводной мост в то время. Деревянный мост- Альтштадт построил мост ведущий к его лесным складам на острове Ломзе. Кузнечный мост (построен в 1397 году, до нашего времени не сохранен). Рядом с этим мостом на берегах Прегеля размещались кузнецы. Швейцарский математик Эйлер придумал задачу — как выйти с Кнайпхофа, пройти по всем мостам только один раз и вернуться назад. Эта задача не имеет решения и легла в основу теории графов. Каждый город имел свой герб и печать, городское право, свое войско, пожарную команду, городскую церковь и ратушу. Эти города подчинялись Тевтонскому ордену. Орден требовал от каждого жителя службы в рыцарском войске или ополчении, и регулярной уплаты пошлины на землю. Земельный налог платили только в виде «признательной пошлины», т. е. как знак признания власти.

В1724 г. три города объединяются в один, под тем же названием что и крепость — Кенигсберг. В том же году город приобрел статус королевского прусского столичного города — резиденции, получил герб состоящий из гербов трех городских общин под эгидой прусского орла.

Три города под названием Кенигсберг становятся важным торговым центром, благодаря выгодному положению на путях между Русью, Литвой, Польшей и европейским западом. Кенигсберг начинает быстро расти и развиваться. Но в первые годы город служил Ордену в качестве хорошо укрепленного опорного военного пункта.

Днем основания Кафедрального собора считается 13 сентября 1333 г. Основатель епископ Иоханнес Кларе. Изначально Собор задумывался как кирха, выполнявшая оборонительно-крепостные функции. Сначала была возведена восточная стена гигантского оборонительного сооружения на валунном фундаменте трехметровой ширины, заложенном на глубину более 10 метров в слое торфа. Но гохмайстер Лютер Брауншвейгский заинтересовался строительством, он запретил строительство церкви-крепости всего лишь на расстоянии полета стрелы от орденской. И обязал строить не крепость, а церковь. В связи с запрещением строительства, ширина кладки была уменьшена до 1,28 м. На северной стороне был сделан уступ позволяющий перейти с большей толщины кладки к меньшей. Уменьшены были не только стены, но был облегчен фундамент. Около 1500 года проявилась слабость фундамента: в средней части южной стены, и особенно в башнях, стали возникать многочисленные трещины. Для придания прочности были замурованы близлежащие окна, но это не смогло остановить процесс разрушения. Спустя десятилетия рухнул свод северного нефа. Башенная часть осела с 14-го по 20-й века на 1.76м. Северная башня имеет наклон более чем на 45 см (и негласно назв. «Пизанской» башней Балтики). Сначала была возведена заалтарная часть, поэтому следующим этапом строительства Собора стала постройка не главного нефа (средней части), а башенного комплекса. Богослужения уже велись в Хорах, поэтому, как внешний отличающий знак, хотели возвести башенную часть. В связи с этим, расположенный между башенным комплексом и хорами, главный неф находится не на одной главной осевой линии, а сдвинут на 1.5 м в южную сторону. Но чтобы крыша выглядела монолитно, северную стену заалтарного пространства решено было поднять более чем на 1,5 м — для придания ей устойчивости.

С развитием торговли Кнайпхоф начинает быстро застраиваться. И для того чтобы застолбить пространство, приступают к строительству башенного комплекса. При возведении крыши была замечена ошибка строителей. Центральная ось башенной части отклонена от центральной оси главного нефа на 1,5 м. Вследствие чего крыша имеет излом. В месте излома была установлена башенка — звонница. В 1454 г. Кенигсберг присоединяется к Прусскому союзу и уже, 3 года спустя, в 1457 г. Тевтонский орден переносит в Кенигсберг свою резиденцию.

В1528 г Кафедральный собор переходит во владение городу Кнайпхофу, а позднее — в 1560 г передается Альбертине (университет основан герцогом Альбрехтом в 1544 г).

После смерти герцога Альбрехта, возле восточной стены в 1572 г. было смонтировано и установлено монументальное надгробие, установленное между главным нефом и заалтарным пространством.

В 1588 г университет выкупил место возле северной стены главного нефа для устройства профессорской усыпальницы. С этого момента все профессора стоявшего напротив университета имели право быть похороненными в открытой галерее по северной стене хора. В 1595 г в северной части главного нефа появилась вставка — соборная крестильня.

В 1880 г у северо-восточной наружной стены собора была сооружена часовня, в которой перезахоронили останки И. Канта, но она вскоре пришла в негодное состояние и была снесена. Ее заменил мемориал, сооруженный по проекту архитектора Ф. Ларса.

Во время налета английской авиации в августе 1944 г. Кафедральный собор избежал прямого попадания бомб, но был разрушен сильным пожаром, перекинувшимся на него с окружающих домов. В послевоенные годы руины собора подвергались дальнейшему разрушению, только благодаря нахождению у северной стены могилы И. Канта этот архитектурный памятник избежал сноса.