Насыщенное культурно-историческими образами уникальное экспозиционное пространство музея является гармоничной составляющей Кафедрального собора. В музейное собрание входят разнообразные экспонаты, связанные с историей Кёнигсберга-Калининграда, с жизнью и научной деятельностью великого гуманиста и философа Иммануила Канта.
В музее работают постоянно действующие экспозиции.

Иммануил Кант: его жизнь и его город

Жизненный путь философа в контексте особенностей исторического облика города Кёнигсберга. Макет домика Канта, реконструкция его одежды, копии гравюр с изображением Кёнигсберга, портреты и плакетки, посвященные Канту, — всё это отражает атмосферу города прошлых веков и даёт представление о личности и судьбе философа.

История острова Кнайпхоф

Археологическая коллекция прусского и орденского времен (2 в до н.э. — 16 в. н.э.). В зале представлен уникальный макет центральной исторической части города Кёнигсберга.

Валленродтская библиотека

Богатая коллекция старинных книг XVIII — начала XX века в обрамлении барочного резного декора. Библиотека является музыкальной гостиной-лекторием, где регулярно проходят камерные концерты классической музыки, читаются лекции по истории и философии.

Нумизматический зал

История денег в коллекциях старинных монет со времён Тевтонского ордена до наших дней; медали и памятные знаки религиозной, военной и спортивной тематики; экспозиция, посвящённая масонству в Кёнигсберге; коллекция старинных фамильных печатей.

Экспозиционная библиотека

Произведения И. Канта и научные публикации о нём на различных языках мира.

Кант и Альбертина

Научная деятельность И. Канта и его учеников, история университета «Альбертина».

Мемориальный зал

Зал памяти с посмертной маской и скульптурным бюстом философа.

Лекционно-выставочный зал

В музее имеется лекционно-выставочный зал с оборудованием для проведения интерактивных занятий.